Биохимия

ISSN (print): 0320-9725

Свидетельство о регистрации СМИ: ПИ № ФС77–71478 от 23.11.2017

Учредитель: Российская академия наук

Главный редактор: Донцова Ольга Анатольевна, академик РАН, профессор, доктор химических наук

Число выпусков в год: 12

Индексация

В журнале «Биохимия» публикуются исследования по всем областям биохимии, а также исследования по биохимическим аспектам молекулярной биологии, биоорганической химии, микробиологии, иммунологии, физиологии и биомедицинских наук. Тематика журнала также охватывает новые экспериментальные методики, теоретические достижения, имеющие значение для биохимии, обзоры современных биохимических тем исследования, мини-обзоры, гипотезы и краткие сообщения.

Приветствуются материалы научно-исследовательских работ по следующим актуальным направлениям:

  • Иммунология
  • Иммунохимия
  • Клеточная биология
  • Нейробиология
  • Энзимология, механизмы и кинетика ферментативных реакций
  • Биоинформатика
  • Прикладные аспекты биохимии (биотехнология)
  • Протеомика
  • Молекулярное моделирование
  • Гликобиология, гликомика
  • Липидология, обмен липидов
  • Геномика и регуляция экспрессии генов
  • РНК и рибосома
  • Медицинская биохимия
  • Молекулярная медицина
  • Молекулярная эндокринология
  • Биохимия крови и кардиология
  • Биохимия мышц
  • Онкология
  • Проблемы развития, старения, эволюции

АУДИТОРИЯ

Журнал ориентирован на научных сотрудников, аспирантов, преподавателей университетов и средних школ, студентов и специалистов, работающих в научно-исследовательских институтах. Издание является источником информации для библиотек научно-исследовательских отделений университетов, биотехнологических и биомедицинских отделений вузов.

НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ

Импакт-фактор РИНЦ (2021 г.): 2.908

Двухлетний импакт-фактор РИНЦ с учетом цитирования из всех источников в 2012-2021 гг.
Двухлетний импакт-фактор РИНЦ с учетом цитирования из всех источников в 2012-2021 гг.

 

НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ

Импакт-фактор Web of Science (2021 г.): 2.824

Импакт-фактор Web of Science журнала Biochemistry (Moscow) в 2012–2021 гг.

Импакт-фактор Web of Science журнала Biochemistry (Moscow) в 2012–2021 гг.

 

SCImago Journal Rank (2020 г.): 0.747

Biochemistry (Moscow) SCImago Journal Rank 2020

Рейтинг SCImago Journal Rank журнала Biochemistry (Moscow) в 2013–2020 гг.

ИНДЕКСИРОВАНИЕ И РЕФЕРИРОВАНИЕ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ

  • AGRICOLA
  • ASFA
  • Academic OneFile
  • BIOSIS
  • Biological Abstracts
  • CAB (Abstracts, International)
  • ChemWeb
  • Chemical Abstracts Service (CAS)
  • Current Contents/Life Sciences
  • EBSCO
  • EMBASE
  • EMBiology
  • Expanded Academic
  • Food Science and Technology Abstracts (FSTA)
  • Global Health
  • Google Scholar
  • Health Reference Center Academic
  • Journal Citation Reports/Science Edition
  • Medline
  • OCLC
  • Reaxys
  • SCImago
  • SCOPUS
  • Science Citation Index, Science Citation Index Expanded
  • Summon by ProQuest

Текущий выпуск

Открытый доступ Открытый доступ  Доступ закрыт Доступ предоставлен  Доступ закрыт Только для подписчиков

Том 90, № 5 (2025)

Весь выпуск

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Статьи

Ингибирование этопозид-индуцированного повреждения ДНК у клеток острого моноцитарного лейкоза в условиях гиперклеточного провоспалительного микроокружения
Кобякова М.И., Краснов К.С., Крестинина О.В., Бабурина Ю.Л., Сенотов А.С., Ломовская Я.В., Мещерякова Е.И., Ломовский А.И., Звягина А.И., Пятина К.В., Фадеева И.С., Фадеев Р.С.
Аннотация

Возникновение устойчивости у клеток острого моноцитарного лейкоза (ОМоЛ; ОМЛ М5) к действию противоопухолевых агентов является одной из основных причин крайне низкой выживаемости и излечиваемости пациентов с диагностированным ОМоЛ. Хорошо известно, что клетки ОМЛ обладают «воспалительным» фенотипом и формируют уникальное провоспалительное микроокружение. Ранее мы выявили повышение устойчивости клеток ОМоЛ человека ТНР-1 к действию ингибиторов ДНК-топоизомераз I и II (топотекан, этопозид, доксорубицин) в in vitro модели, имитирующей условия провоспалительного микроокружения – трехмерной долговременной культуре клеток высокой плотности. В данном исследовании с помощью методов флуоресцентной микроскопии и спектрофлуориметрии, метода ДНК-комет, вестерн-блоттинга, анализа дифференциальной экспрессии генов и проточной цитометрии мы показали, что повышение резистентности к действию ингибиторов ДНК-топоизомераз, в частности к этопозиду, у клеток ОМоЛ ТНР-1 в условиях гиперклеточного провоспалительного микроокружения реализуется за счет снижения одно- и двухцепочечных разрывов ДНК и, соответственно, ответа на повреждение ДНК, а также может быть связано с выраженной активацией сигнальных путей интерферонов I и II типов, NF-κB/STAT-зависимых сигнальных путей, происходящей на фоне существенного подавления активности транскрипционных факторов семейств Myc и E2F. Результаты этой работы открывают новые представления о роли провоспалительной активации в повышении устойчивости клеток ОМЛ к гибели, индуцированной действием ингибиторов ДНК-топоизомераз.

Биохимия. 2025;90(5):595-610
pages 595-610 views
Дифференциальная экспрессия циклических РНК во фронтальной коре мозга крыс в условиях ишемии-реперфузии
Мозговой И.В., Шпетко Я.Ю., Денисова А.Е., Ставчанский В.В., Виноградина М.А., Губский Л.В., Дергунова Л.В., Лимборская С.А., Филиппенков И.Б.
Аннотация

Циклические РНК (циклоРНК) – ковалентно замкнутые некодирующие РНК, обладающие повышенной метаболической стабильностью и способные к регуляции экспрессии генов. ЦиклоРНК рассматриваются как потенциальные биомаркеры и мишени терапии для различных заболеваний, в том числе для ишемического инсульта. Модель обратимой окклюзии правой средней мозговой артерии (tMCAO) активно используется в транскриптомике инсульта. В настоящей работе с помощью полногеномного РНК-секвенирования мы изучили профиль экспрессии циклоРНК в участке фронтальной коры мозга крыс через 24 ч после tMCAO. Мы идентифицировали 64 дифференциально экспрессированных циклоРНК (кратность изменения > 1,5; Padj < 0,05), которые преимущественно повысили свой уровень экспрессии относительно ложнооперированных животных. По данным МРТ, изучаемый участок фронтальной коры включал зону пенумбры, выживание клеток в которой имеет важное значение для восстановления после инсульта. Также, используя ранее полученные нами данные о дифференциальной экспрессии мРНК в данной области мозга, мы биоинформатически спрогнозировали регуляторные сети циклоРНК–микроРНК–мРНК. Функциональный анализ данных сетей показал, что гены, экспрессия которых может зависеть от активности циклоРНК при ишемии, ответственны за синаптическую передачу сигналов и воспалительную реакцию. Наше исследование показывает значимую роль циклоРНК-опосредованной регуляции транскриптома в ассоциированной с пенумброй области мозга при ишемии и позволяет рассматривать циклоРНК как потенциальные мишени для новых стратегий терапии инсульта и постинсультных осложнений.

Биохимия. 2025;90(5):611-626
pages 611-626 views
Изолированный из генома промотор гена FOS человека гиперактивирован и малочувствителен к изменению Na+i/K+i-соотношения
Горбунов А.М., Федоров Д.А., Квитко О.Е., Лопина О.Д., Климанова Е.А.
Аннотация

Показано, что изменения внутриклеточных концентраций ионов Na+ и K+ влияют на экспрессию гена FOS. В данной работе мы получили генетическую конструкцию, кодирующую TurboGFP-dest1 под управлением промотора FOS человека (−549; +155), и оценили изменение экспрессии TurboGFP-dest1 при воздействии одновалентных катионов металлов в клетках HEK 293T. Амплификация последовательности промотора FOS с использованием геномной ДНК человека в качестве матрицы проходила успешно только в присутствии ионов Li+. Инкубация клеток в присутствии уабаина и в среде, где ионы Na+ были полностью замещены ионами Li+, вызывала накопление в клетках Na+ и Li+ соответственно. Кроме того, эти воздействия приводили к увеличению уровня мРНК эндогенного FOS и средней интенсивности флуоресценции TurboGFP-dest1 в трансфицированных клетках. Количество мРНК TurboGFP-dest1 было значительно больше по сравнению с мРНК эндогенного FOS и слабо изменялось под действием одновалентных катионов металлов.

Биохимия. 2025;90(5):627-635
pages 627-635 views
Метод мультиплексного иммунопрофилирования клеток крови мышей с высокочувствительной детекцией репортёрной β-галактозидазы LacZ
Михайловская В.С., Богданова Д.А., Демидов О.Н., Рыбцов С.А.
Аннотация

Бактериальная β-галактозидаза (LacZ) широко использовалась в качестве репортёра при создании линий мышей для изучения экспрессии генов. Однако LacZ-репортёры имеют ограничения, связанные с присутствием эндогенной β-галактозидазы в клетках, а также низкой чувствительностью и проникающей способностью существующих субстратов для обнаружения активности LacZ. Для анализа экспрессии генов методом многоцветной проточной цитометрии в живых клетках требуются точные, чувствительные, нетоксичные флуоресцентные индикаторы. В этом исследовании мы оценили эффективность способного к иммобилизации флуоресцентного зонда SPiDER-βGal при детекции LacZ в основных популяциях клеток крови репортёрных мышей методом многоцветной проточной цитометрии. Результаты показали, что SPiDER-βGal имел высокую чувствительность к LacZ, однако обнаруживал и эндогенную β-галактозидазу. Наибольшую фоновую активность имели миелоидные клетки крови. Использование ингибитора протонных помп Бафиломицина А1 позволило повысить точность обнаружения LacZ в популяциях лейкоцитов за счёт подавления эндогенной активности вследствие повышения pH в лизосомах. Продление инкубации с субстратом SPiDER-βGal до 60 минут увеличивало чувствительность метода на порядок. Таким образом, применение специфических ингибиторов протонного транспорта в лизосомах позволяет повысить разрешающую способность анализа активности LacZ в клетках крови репортёрных животных, что может быть использовано для мультиканальной сортировки живых лейкоцитов по уровню экспрессии LacZ и поверхностным маркерам для дальнейших функциональных и генетических исследований.

Биохимия. 2025;90(5):636-644
pages 636-644 views
Оценка разнообразия репертуара иммуноглобулинов человека после криоконсервации B-клеток и их рестимуляции
Смирнова А.О., Овчинникова Л.А., Мамедов И.З., Григорьева Т.В., Хазеев С.Н., Ахмедова М.А., Ломакин Я.А.
Аннотация

Криоконсервация мононуклеарных клеток периферической крови человека широко применяется в различных клинических и исследовательских целях. Однако до сих пор распространено мнение, что для наиболее точного анализа исходного репертуара иммуноглобулинов как в количественном, так и в качественном аспектах следует использовать только свежевыделенные В-клетки. В данном исследовании с использованием широкомасштабного секвенирования мы изучили, как изменяется репертуар иммуноглобулинов после криоконсервации В-клеток и их последующего размораживания при различных условиях. Основной целью исследования являлось сравнение репертуаров иммуноглобулинов после криоконсервации В-клеток – как в условиях с последующей рестимуляцией in vitro, так и без дополнительного воздействия. Результаты исследования демонстрируют сохранность репертуара иммуноглобулинов при замораживании В-клеток человека в подобранных условиях. Полученные данные подчёркивают потенциальную ценность применения данного подхода как в фундаментальных исследованиях, так и в клинической практике.

Биохимия. 2025;90(5):645-655
pages 645-655 views
Ускоренная пробоподготовка образцов для точного количественного протеомного анализа клеток и тканей методом ультрабыстрой масс-спектрометрии
Емекеева Д.Д., Кусаинова Т.Т., Гарибова Л.А., Шелепчиков А.А., Кононихин А.С., Третьяков А.В., Лаврухина О.И., Николаев Е.Н., Горшков М.В., Тарасова И.А.
Аннотация

Современные достижения в области жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии (ВЭЖХ-МС1) сделали возможным проведение полнопротеомного количественного анализа за минуты, достигая производительности до 1000 анализов в сутки. В связи с этим актуален пересмотр подходов к пробоподготовке для протеомики, соответственно скорости анализа ВЭЖХ-МС1. Несмотря на существование методов ускоренной пробоподготовки в течение десятилетий, их применение в количественной сверхбыстрой протеомике и комплексное сравнение эффективности до настоящего времени не исследовались. В данной работе проведено сравнение методов ускоренного восстановления, алкилирования и гидролиза белков с помощью ультразвукового, микроволнового излучений и при повышенной температуре. Валидация выполнена с использованием количественного анализа без меток протеомов Saccharomyces cerevisiae, клеточных линий человека и побегов озимой пшеницы методами ВЭЖХ-МС/МС и ВЭЖХ-МС1 без спектров фрагментации (метод DirectMS1). Все эксперименты проводились с использованием коротких хроматографических градиентов от 5 до 16 мин. Для оценки точности количественного анализа использовались количественные стандарты – смеси белков человека и дрожжей. Полученные результаты демонстрируют, что сокращение времени пробоподготовки не влияет на воспроизводимость идентификаций пептидов и белков, несмотря на снижение эффективности восстановления, алкилирования и ферментативного гидролиза белков. Также было обнаружено, что ферментативный гидролиз в течение 30 мин при СВЧ-воздействии и классический 18-часовой гидролиз обеспечили сопоставимую точность количественного анализа при сверхбыстром анализе методом DirectMS1.

Биохимия. 2025;90(5):656-672
pages 656-672 views
Гиперэкспрессия глицеролкиназы подавляет синтез липидов, но повышает мембранный потенциал митохондрий и активность термогенеза в адипоцитах
Мичурина С.С., Белоглазова И.Б., Агарёва М.Ю., Мохаммад Р., Алексеева Н.В., Парфёнова Е.В., Стафеев Ю.С.
Аннотация

Ожирение и сахарный диабет 2-го типа – одни из основных факторов, способствующих росту смертности и инвалидизации в современном мире. В связи с этим приоритетной задачей является разработка новых методов, включая генную и клеточную инженерию, для создания эктопических термогенных жировых депо, способных рассеивать избыток энергии. В данной работе мы изучали гиперэкспрессию глицеролкиназы (ГК) – ключевого фермента футильного триацилглицеридного цикла (ТАГ-цикла) для формирования термогенных адипоцитов. Белок-кодирующую последовательность ГК амплифицировали на основе мРНК печени мыши и доставляли в адипоциты путем лентивирусной трансдукции. Метаболизм адипоцитов анализировали с помощью радиоизотопного мониторинга [3H]- и [14С]-меченых аналогов глюкозы. Мембранный потенциал митохондрий, термогенез и морфологию липидных капель оценивали с использованием флуоресцентных зондов JC-1, ERthermAC и BODIPY493/503 соответственно. Лентивирусная доставка гена ГК увеличивает в адипоцитах экспрессию мРНК в 130 раз и уровень белка – на 30%. Гиперэкспрессия ГК усиливает захват глюкозы адипоцитами, а также подавляет синтез и реэтерификацию жирных кислот, не изменяя морфологию липидных капель. Рост поглощения глюкозы при гиперэкспрессии ГК ассоциирован с ростом митохондриального потенциала и стимуляцией термогенеза. Гиперэкспрессия ГК улучшает метаболический профиль адипоцитов, что может способствовать устранению метаболических нарушений, связанных с ожирением, за счет повышения утилизации избыточной глюкозы в ходе термогенеза. Тем не менее детальные механизмы, лежащие в основе стимуляции этих процессов, требуют дальнейшего изучения.

Биохимия. 2025;90(5):673-687
pages 673-687 views