Эффект сравнительного анализа различных аннотаций генома риса Oryza sativa для верификации in silico предсказанных промоторных последовательностей

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

В рамках исследования проведен анализ предсказанных методом MAHDS промоторных последовательностей в геноме Oryza sativa с использованием трех аннотаций: RefSeq NCBI, Rice Genome Annotation Project, Ensembl. Установлено, что часть предсказанных промоторов локализована вблизи аннотированных генов, что указывает на их возможную функциональную роль. Остальные участки, представляющие интерес как потенциально новые регуляторные элементы, проанализированы с использованием YAPP на наличие мотивов коровых участков и их функциональных комбинаций. Все исследуемые предсказанные промоторы содержат Inr- или TATA-мотив – ключевые элементы инициации транскрипции. Выявленные сочетания этих мотивов указывают на высокую вероятность транскрипционной активности предсказанных последовательностей, а согласованность результатов с аннотированными данными и CAGE-seq подтверждает надежность и применимость метода MAHDS.

Об авторах

А. Н. Бубнова

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

И. В. Яковлева

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

А. М. Камионская

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Автор, ответственный за переписку.
Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

Список литературы

  1. Zhang M., Jia C., Li F., et al. Critical assessment of computational tools for prokaryotic and eukaryotic promoter prediction // Briefings in Bioinformatics. 2022. V. 23, № 2.
  2. Dreos R., Ambrosini G., Périer R., et al. The Eukaryotic Promoter Database: expansion of EPDnew and new promoter analysis tools // Nucleic Acids Res. 2014. V. 43, № D1. P. 92–96.
  3. Shahmuradov I.A., Gammerman A. J., Hancock J. M. et al. PlantProm: a database of plant promoter sequences // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 114–117.
  4. Kostenko D.O., Korotkov E. V. Application of the MAHDS Method for Multiple Alignment of Highly Diverged Amino Acid Sequences // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23, № 7.
  5. Bubnova A.N., Yakovleva I. V., Korotkov E. V., et al. In silico verification of predicted potential promoter sequences in the rice (Oryza sativa) genome // Plants. 2023. V. 12. № 20.
  6. Sayers E.W., Bolton E. E., Brister J. R., et al. Database resources of the national center for biotechnology information // Nucleic Acids Research. 2022. V. 7, № 50. P. 20–26.
  7. Kawahara Y., de la Bastide M., Hamilton J. P., et al. Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data // Rice. 2013. V. 6, № 4.
  8. Quinlan A.R., Hall I. M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features // Bioinformatics. 2010. V. 26№ 6. P. 841–842.
  9. Thorvaldsdóttir H., Robinson J. T., Mesirov J. P. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration // Briefings in Bioinformatics. 2013. V. 14. P. 178–192.
  10. Jin V.X., Singer G. A., Agosto-Perez F. J., et al. Genome-wide analysis of core promoter elements from conserved human and mouse orthologous pairs // BMC Bioinformatics. 2006. V. 7, № 114.
  11. Smale S.T., Kadonaga J. T. The RNA polymerase II core promoter // Annual review of biochemistry. 2003. V. 72. № 1. P. 449–479.
  12. Smale S.T., Baltimore D. The “initiator” as a transcription control element // Cell. 1989. V. 57. № 1. P. 103–113.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025