Search for Potential Epitopes in the Envelope Protein of the African Swine Fever Virus

I. A. Kolesnikov; Колесников И. А.; V. I. Timofeev; Тимофеев В. И.; A. V. Ermakov; Ермаков А. В.; A. S. Ivanovsky; Ивановский А. С.; Yu. A. Dyakova; Дьякова Ю. А.; Yu. V. Pisarevsky; Писаревский Ю. В.; M. V. Kovalchuk; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600179

Поиск потенциальных эпитопов в оболочечном белке вируса африканской чумы свиней

Авторы: Колесников И.А.¹, Тимофеев В.И.¹^,2, Ермаков А.В.¹, Ивановский А.С.², Дьякова Ю.А.¹, Писаревский Ю.В.²^,1, Ковальчук М.В.¹^,2
Учреждения:
1. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
2. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Выпуск: Том 68, № 6 (2023)
Страницы: 971-978
Раздел: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://medjrf.com/0023-4761/article/view/673316
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600179
EDN: https://elibrary.ru/HJNXSQ
ID: 673316

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Смоделирована пространственная структура оболочечного белка вируса африканской чумы свиней, рассчитана его топология относительно клеточной мембраны, предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для этого белка, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности, токсичности. Изучены вариабельность аминокислот в белке и консервативность найденных эпитопов. Показано, что на основе найденных эпитопов возможна разработка новой пептидной вакцины против африканской чумы свиней.

Список литературы

Mettenleiter T.C., Sobrino F. // Animal Viruses: Molecular Biology. 2008. V. 14. P. 5. https://doi.org/10.3201/eid1405.080077
Anderson E.C., Hutchings G.H., Mukarati N., Wilkinson P.J. // Veterinary Microbiology. 1998. V. 62 (1). P. 1. https://doi.org/10.1016/S0378-1135(98)00187-4
Khomenko S., Beltrán-Alcrudo D., Rozstalnyy A. et al. // Empress Watch. 2013. V. 28. P. 1
Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G., Niemczuk K. // Sci Rep. 2019. V. 9. № 4556. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36823-0
Colson P., De Lamballerie X., Yutin N. et al. // Arch Virol. 2013. V. 158. P. 2517. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1768-6
Dixon L.K., Chapman D.A., Netherton C.L., Upton C. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 3.
Netherton C.L., Wileman T.E. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 76. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.12.014
Gaudreault N.N., Madden D.W., Wilson W.C. et al. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. 215. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00215
Rodríguez J.M., Yáñez R.J., Almazán F. et al. // J. Virol. 1993. V. 67. № 9. P. 5312. https://doi.org/10.1128/jvi.67.9.5312-5320.1993
Ruiz-Gonzalvo F., Rodríguez F., Escribano J.M. // Virology. 1996. V. 218 (1). P. 285. https://doi.org/10.1006/viro.1996.0193
Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
Araf Y., Moin A.T., Timofeev V.I. et al. // Front. Immunol. 2022. V. 13. 863234. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.863234
Q89501. https://nbgi.ru/
Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. // J. Mol. Biol. 1990. V. 215 (3). P. 403.
Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. // Nature. 2021. V. 596. P. 583. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // bioRxiv. 2022. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
http://tools.iedb.org/ellipro/
Ponomarenko J., Bui HH., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. 514. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-514
Dimitrov I., Bangov I., Flower D.R. et al. // J. Mol. Model. 2014. V. 20 (5). 2278. https://doi.org/10.1007/s00894-014-2278-5
Gupta S., Kapoor P., Chaudhary K. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 8 (9). e73957. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073957
Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
Bui H., Sidney J.H., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8 (1). 361. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-361
Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
Choo S.Y. // Yonsei Med J. 2007. V. 48 (1). P. 11. https://doi.org/10.3349/ymj.2007.48.1.11
Potocnakova L., Bhide M., Pulzova L.B. // J. Immunol. Res. 2016. https://doi.org/10.1155/2016/6760830